Grossesse pathologique FPH : la CNAM précise l’indemnisation des contractuelles pour la troisième semaine de congé prénatal.

Grossesse pathologique dans la FPH : la CNAM clarifie l’indemnisation des contractuelles pour la troisième semaine de congé prénatal

Depuis le 1er mars 2026, le congé pathologique prénatal est porté de deux à trois semaines pour les agents de la fonction publique, titulaires et contractuelles. Cette mesure, introduite par la loi de finances 2026, a suscité une difficulté pratique d’indemnisation pour une catégorie spécifique d’agentes : celles dont les arrêts de travail sont pris en charge directement par la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) plutôt que par l’établissement. La FHF a publié le 24 juillet 2026 une note précisant les modalités clarifiées par la CNAM pour ces situations.

Le congé pathologique prénatal : rappel du droit applicable depuis le 1er mars 2026

Le congé pathologique est un congé supplémentaire accordé lorsqu’un état pathologique attesté par un certificat médical résulte de la grossesse. Il s’ajoute au congé de maternité légal (prénatal et postnatal) et ne s’y substitue pas.

La loi de finances 2026 a modifié l’article L631-3 du Code général de la fonction publique (CGFP), qui prévoit désormais que le congé de maternité peut être augmenté de la durée de l’état pathologique :

• dans la limite de trois semaines (21 jours calendaires) avant la date présumée de l’accouchement, contre 14 jours auparavant ;
• dans la limite de quatre semaines après la date de l’accouchement, inchangé.

Ce congé est fractionnable et peut être mobilisé en une ou plusieurs périodes, entre la date de déclaration de grossesse et le début du congé de maternité légal. Aucun jour de carence ne s’applique. La rémunération est intégralement maintenue, car ce congé est assimilé à un congé de maternité et non à un arrêt maladie ordinaire.

Cette évolution bénéficie à toutes les agentes de la FPH — fonctionnaires titulaires, stagiaires et contractuelles de droit public — conformément au décret n° 88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents contractuels de la fonction publique.

Un problème d’indemnisation spécifique aux contractuelles relevant de la CPAM

Dans la FPH, le régime d’indemnisation en cas d’arrêt de travail diffère selon le statut et la quotité de travail de l’agente :

• Les fonctionnaires titulaires et stagiaires à temps plein ou à temps partiel supérieur ou égal à 28 heures hebdomadaires sont indemnisés directement par l’établissement, qui se rembourse ensuite auprès de la Sécurité sociale.
• Les agentes contractuelles — ainsi que les titulaires exerçant à très faible temps partiel (moins de 28 heures par semaine) — reçoivent leurs indemnités journalières directement de la CPAM.

Après le 1er mars 2026, des agentes contractuelles ont signalé que leur CPAM ne reconnaissait pas la troisième semaine de congé pathologique prénatal comme telle. La caisse la traitait comme un arrêt de travail ordinaire, déclenchant un nouveau délai de carence de trois jours et une indemnisation réduite à 50 % des indemnités journalières à la place du maintien intégral de la rémunération.

Cette situation résultait d’un décalage entre la réforme introduite dans le code de la fonction publique — qui relève du droit public — et les procédures de traitement des dossiers par les caisses, qui appliquent le code de la sécurité sociale.

Ce que la CNAM a précisé en juillet 2026

Face à ces difficultés signalées par les établissements et les agentes concernées, la Caisse nationale de l’assurance maladie (CNAM) a apporté des précisions sur les modalités d’indemnisation applicables aux contractuelles de la fonction publique pour cette troisième semaine de congé pathologique prénatal. La FHF a relayé ces précisions le 24 juillet 2026 à destination des établissements.

Ces précisions visent à garantir que les contractuelles concernées bénéficient effectivement du même régime protecteur que les fonctionnaires titulaires pour la durée entière du congé pathologique prénatal, c’est-à-dire sans jour de carence et avec maintien intégral de la rémunération, y compris pour la troisième semaine.

Ce que les agentes concernées doivent faire

Si vous êtes agente contractuelle de la FPH et que vous avez bénéficié d’un congé pathologique prénatal de trois semaines après le 1er mars 2026, vérifiez que votre CPAM a bien traité l’intégralité de ce congé comme un congé pathologique de grossesse — et non comme un arrêt de travail ordinaire pour la troisième semaine.

Si vous avez subi une carence ou une réduction d’indemnisation sur cette troisième semaine :

1. Rapprochez-vous de votre service RH et signalez la situation en mentionnant les précisions publiées par la CNAM en juillet 2026.
2. Votre établissement peut être amené à compléter l’indemnisation manquante et à engager les démarches nécessaires auprès de la caisse.
3. En cas de difficulté, vous pouvez saisir le SNSH CFE-CGC de votre établissement, qui peut vous assister dans vos recours.

Ce que le SNSH retient

Ce dossier illustre une difficulté récurrente dans l’articulation entre le droit de la fonction publique et les procédures de la Sécurité sociale : lorsqu’une réforme statutaire ne s’accompagne pas immédiatement d’une instruction aux caisses, ce sont les agentes les plus fragiles — souvent des contractuelles à durée déterminée — qui subissent le décalage. Le SNSH CFE-CGC, qui représente des personnels scientifiques et techniques en contrat dans les CHU, est particulièrement attentif à la bonne application de ce droit dans les établissements.

Sources :

• FHF — publication du 24 juillet 2026
• LFI 2026 — article L631-3 du CGFP modifié
• Service-Public.fr — congé pathologique dans la fonction publique (mis à jour juin 2026)