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Congés maladie du fonctionnaire hospitalier : CMO, congé de longue maladie et congé de longue durée

Fonctionnaires titulaires FPH

Congés maladie du fonctionnaire hospitalier : CMO, congé de longue maladie et congé de longue durée

Le fonctionnaire hospitalier empêché d’exercer ses fonctions en raison de son état de santé peut relever de plusieurs régimes : congé de maladie ordinaire, congé de longue maladie ou congé de longue durée. Leur durée, leur rémunération, leur procédure et leurs conséquences ne sont pas identiques.

Comparer CMO / CLM / CLD CMO CLM CLD Conseil médical Reprise

CMO, CLM et CLD ne sont pas trois appellations différentes d’un même arrêt maladie.

Ces congés répondent à des conditions différentes. Le congé de maladie ordinaire correspond au régime général de l’arrêt maladie. Le CLM vise des affections présentant une gravité confirmée, nécessitant des soins prolongés et mettant l’agent dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions. Le CLD est réservé à certaines affections déterminées.

Cette page concerne les fonctionnaires titulaires de la fonction publique hospitalière . Les agents contractuels relèvent d’un régime différent.

1. CMO, CLM ou CLD : quelles différences ?

Congé Situation Durée maximale Rémunération principale
CMO Maladie empêchant temporairement l’exercice des fonctions 1 an sur une période de 12 mois consécutifs 90 % du traitement pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois
CLM Affection grave nécessitant un traitement et des soins prolongés et présentant un caractère invalidant 3 ans 100 % pendant 1 an, puis 50 % pendant 2 ans, sous réserve des dispositions plus favorables prévues par les textes
CLD Certaines affections limitativement prévues par les textes 5 ans 100 % pendant 3 ans, puis 50 % pendant 2 ans
À retenir : le choix entre CMO, CLM et CLD ne dépend pas du seul souhait de l’agent. Il résulte de la nature de l’affection, de sa gravité et des conditions prévues par les textes.

2. Qu’est-ce que le congé de maladie ordinaire ?

Le fonctionnaire qui est dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions en raison d’une maladie dûment constatée est placé en congé de maladie.

La durée totale des congés de maladie peut atteindre un an pendant une période de douze mois consécutifs.

Le CMO est donc le régime habituel de l’arrêt maladie du fonctionnaire, lorsque les conditions particulières du CLM ou du CLD ne sont pas réunies.

Quel délai pour transmettre l’arrêt ?

Le fonctionnaire hospitalier doit transmettre son avis d’interruption de travail à l’administration dans un délai de 48 heures suivant son établissement.

Depuis la réforme de 2026, l’arrêt est établi selon les modalités prévues par le Code de la sécurité sociale et doit également respecter les règles applicables à sa prolongation.

3. Quelle rémunération pendant un CMO ?

Depuis le 1er mars 2025, le fonctionnaire en congé de maladie perçoit :

3 premiers mois

90 % du traitement.

9 mois suivants

50 % du traitement.

Le fonctionnaire conserve en outre, dans les conditions prévues par le CGFP :

  • la totalité du supplément familial de traitement ;
  • la totalité de l’indemnité de résidence.
Attention : le régime des primes et indemnités ne se déduit pas automatiquement du seul taux de traitement. Il faut vérifier les textes applicables à chaque prime ou indemnité.

4. Qu’est-ce que le congé de longue maladie ?

Le congé de longue maladie peut être accordé au fonctionnaire atteint d’une affection qui le met dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions et qui présente :

  • un caractère invalidant ;
  • une gravité confirmée ;
  • la nécessité d’un traitement et de soins prolongés.

La durée maximale des congés de longue maladie est de trois ans.

Une liste indicative de maladies susceptibles d’ouvrir droit au CLM est fixée par arrêté. Une affection absente de cette liste peut néanmoins ouvrir droit au CLM si les conditions légales sont remplies et après avis du conseil médical compétent.

5. Quelle rémunération pendant un CLM ?

Le CGFP prévoit :

1re année

100 % du traitement.

2e et 3e années

50 % du traitement selon la règle législative générale.

Le CGFP prévoit toutefois que cette part peut être portée à 60 % par décret en Conseil d’État lorsqu’un accord conclu dans le cadre prévu par le code le prévoit.

L’agent conserve également :

  • la totalité du supplément familial de traitement ;
  • la totalité de l’indemnité de résidence.

6. Qu’est-ce que le congé de longue durée ?

Le CLD est réservé à certaines affections déterminées par les textes.

Dans la FPH, il concerne notamment :

  • la tuberculose ;
  • les maladies mentales ;
  • les affections cancéreuses ;
  • la poliomyélite ;
  • le déficit immunitaire grave et acquis.

Lorsque les conditions sont réunies, le fonctionnaire ayant épuisé ses droits à plein traitement en CLM pour l’une de ces affections peut être placé en CLD.

Le fonctionnaire peut toutefois demander à être maintenu en CLM. Ce choix peut avoir des conséquences sur la suite de ses droits et doit être examiné attentivement.

7. Quelle rémunération pendant un CLD ?

La durée maximale du CLD est de cinq ans.

3 premières années

100 % du traitement.

2 années suivantes

50 % du traitement.

Le fonctionnaire conserve également la totalité :

  • du supplément familial de traitement ;
  • de l’indemnité de résidence.
Pour une même affection, les périodes successives de CLD s’additionnent. En revanche, une autre affection ouvrant droit au CLD peut ouvrir de nouveaux droits dans les conditions prévues par les textes.

8. Comment demander ou renouveler un CMO, un CLM ou un CLD ?

Pour le CMO

Le fonctionnaire transmet son avis d’arrêt de travail dans les 48 heures.

Pour le CLM et le CLD

Depuis les règles issues du décret du 29 juillet 2026, un CLM ou un CLD peut être accordé ou renouvelé dans la limite de six mois sur présentation de l’avis d’arrêt de travail prévu par les textes.

Pour le renouvellement, le fonctionnaire adresse à l’autorité investie du pouvoir de nomination un certificat médical précisant que le congé doit être prolongé et indiquant la durée de cette prolongation.

Il faut anticiper les renouvellements. À l’issue d’une période de CLM ou de CLD, le maintien du traitement suppose que la prolongation ait été régulièrement demandée et accordée.

9. Quand le conseil médical intervient-il ?

Depuis le 1er septembre 2026, le conseil médical en formation restreinte est notamment consulté pour :

  • l’octroi de la première période d’un CLM ou d’un CLD ;
  • la réintégration après épuisement des droits à congés pour raison de santé ;
  • certaines réintégrations après CLM ou CLD ;
  • la disponibilité d’office pour raison de santé ;
  • le reclassement consécutif à une altération de l’état de santé ;
  • la contestation de certains avis rendus par un médecin agréé.
Évolution 2026 : le renouvellement du CLM ou du CLD après la période de plein traitement n’entraîne plus automatiquement une saisine du conseil médical.

10. L’administration peut-elle contrôler l’arrêt maladie ?

Oui.

Depuis septembre 2026, l’administration peut faire procéder à un contrôle administratif de l’arrêt de travail par une personne habilitée.

Ce contrôle peut notamment porter sur la présence de l’agent à son domicile ou sur son lieu de repos lorsque les sorties sont interdites ou pendant les heures de présence obligatoire.

Une absence injustifiée ou un refus de contrôle peut entraîner l’interruption du versement de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt concerné.

Contrôle médical

L’administration peut également faire procéder à des examens médicaux. Pour le CLM et le CLD, un examen par un médecin agréé doit notamment intervenir au moins une fois par an dans les conditions prévues par le décret.

Depuis 2026, certains examens médicaux peuvent également être réalisés à distance par téléconsultation, dans les conditions prévues par le Code de la santé publique.

Peut-on travailler pendant un CMO, un CLM ou un CLD ?

Par principe, non.

Le fonctionnaire placé en CMO, CLM ou CLD doit cesser toute activité rémunérée.

Des exceptions existent notamment pour certaines activités :

  • ordonnées et contrôlées médicalement dans le cadre de la réadaptation ;
  • autorisées par le CGFP.
Le non-respect de cette interdiction peut conduire à l’interruption de la rémunération et au reversement des sommes indûment perçues.

11. Comment se passe la reprise après un congé maladie ?

La reprise dépend du type de congé, de sa durée, de l’état de santé de l’agent et des fonctions qu’il exerce.

Dans certaines situations, une réintégration nécessite l’avis du conseil médical, notamment lorsque les droits à congé sont arrivés à expiration ou lorsque les fonctions exercées sont soumises à des conditions de santé particulières.

Reprise normale

L’agent reprend son activité lorsqu’il est apte à reprendre dans les conditions prévues.

Aménagement du poste

Des adaptations peuvent être étudiées si l’état de santé le justifie.

Temps partiel thérapeutique

Il peut permettre une reprise progressive dans les conditions prévues par les textes.

Reclassement

Si l’agent ne peut plus exercer les fonctions correspondant à son emploi, un reclassement peut devoir être examiné.

Pour approfondir : période de préparation au reclassement et reclassement FPH .

12. Quel effet sur la carrière, l’avancement et la retraite ?

Les congés pour raison de santé font partie des situations statutaires qui doivent être prises en compte dans la gestion de la carrière.

Leurs conséquences doivent cependant être distinguées selon :

  • le type de congé ;
  • sa durée ;
  • la situation de l’agent ;
  • les règles propres à l’avancement et à la retraite.
Conseil SNSH : lorsqu’un arrêt maladie devient long, il est utile de vérifier rapidement si la situation relève encore du CMO ou si les conditions d’un CLM ou d’un CLD sont susceptibles d’être réunies. Le changement de régime peut avoir des conséquences importantes sur la rémunération et la durée des droits.

CMO, CLM et CLD : les principaux réflexes

  1. Transmettre l’arrêt dans les délais
    48 heures pour l’avis d’interruption de travail.
  2. Identifier le régime adapté
    CMO, CLM ou CLD selon l’affection et les conditions médicales.
  3. Anticiper les renouvellements
    Ne pas attendre l’expiration de la période de congé en cours.
  4. Répondre aux contrôles
    Contrôle administratif et examens médicaux dans les conditions prévues.
  5. Préparer la reprise
    Reprise normale, temps partiel thérapeutique, aménagement ou reclassement selon la situation.

Questions fréquentes

Combien de temps peut durer un CMO ?

Le congé de maladie peut atteindre un an au total sur une période de douze mois consécutifs.

Le CMO est-il encore rémunéré à 100 % les trois premiers mois ?

Non. Depuis le 1er mars 2025, le traitement est versé à 90 % pendant les trois premiers mois, puis à 50 % pendant les neuf mois suivants.

Combien de temps peut durer un CLM ?

La durée maximale du congé de longue maladie est de trois ans.

Combien de temps peut durer un CLD ?

La durée maximale du congé de longue durée est de cinq ans.

Le conseil médical doit-il être saisi à chaque renouvellement de CLM ou CLD ?

Non. Depuis le 1er septembre 2026, la saisine systématique pour les renouvellements après épuisement du plein traitement a été supprimée.

L’administration peut-elle vérifier que je suis présent à mon domicile ?

Oui. Depuis la réforme de 2026, un contrôle administratif de l’arrêt peut notamment porter sur la présence au domicile ou au lieu de repos pendant les périodes où la présence est obligatoire.

Références juridiques principales

Code général de la fonction publique, articles L.822-1 à L.822-5
Congé de maladie ordinaire.

Articles L.822-6 à L.822-11
Congé de longue maladie.

Articles L.822-12 à L.822-17
Congé de longue durée.

Décret n° 88-386 du 19 avril 1988
Conditions d’aptitude physique et congés de maladie des agents de la fonction publique hospitalière.

Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026
Réforme des congés pour raisons de santé, des contrôles et du temps partiel thérapeutique.

Article 7 du décret du 19 avril 1988
Compétences du conseil médical dans sa rédaction applicable depuis le 1er septembre 2026.

Articles 15 et 25
Avis d’arrêt de travail et renouvellement des congés.

Article 25-1
Contrôle administratif de l’arrêt de travail.

Vérification juridique : 11 septembre 2026.

Pour aller plus loin

Fonctionnaires titulaires FPH Statut, carrière, mobilité et droits. Congés et protection sociale FPH Portail général des congés et protections sociales. PPR et reclassement FPH Inaptitude, reclassement et retour à l’emploi.

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