Les décrets n° 2026-866 et n° 2026-867 du 16 septembre 2026, publiés au Journal officiel du 18 septembre, réforment les règles de durée maximale d’indemnisation de certains arrêts de travail de longue durée.
Le changement principal concerne les assurés bénéficiant d’un arrêt de longue durée dans le cadre de la procédure prévue par l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale, sans bénéficier d’une ALD exonérante du ticket modérateur.
À compter du 15 octobre 2026, la durée maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières passe dans cette situation de trois ans à un an.
ALD non exonérante : de trois ans à un an d’indemnisation maximale
Jusqu’à présent, certaines affections nécessitant des soins ou une interruption de travail de plus de six mois pouvaient ouvrir droit à une période dérogatoire d’indemnisation pouvant atteindre trois ans.
Le décret n° 2026-866 distingue désormais deux situations.
Lorsque l’assuré bénéficie d’une limitation ou suppression de sa participation aux frais de santé au titre des ALD visées par le Code de la sécurité sociale, la durée maximale d’indemnisation reste fixée à trois ans.
Lorsque l’affection relève de la procédure de longue durée mais sans exonération du ticket modérateur, la durée maximale dérogatoire d’indemnisation est désormais limitée à un an.
La réforme ne réduit pas tous les arrêts longs à un an
La réduction de trois ans à un an concerne la durée maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières de Sécurité sociale dans certaines situations.
Elle ne signifie pas que les congés statutaires pour raison de santé des fonctionnaires hospitaliers ou le congé de grave maladie des agents contractuels seraient automatiquement ramenés à un an.
Fonction publique hospitalière : titulaires et contractuels ne sont pas dans la même situation
Les congés statutaires restent distincts
Les fonctionnaires hospitaliers relèvent de règles statutaires spécifiques en matière de congés pour raison de santé.
Congé de maladie, congé de longue maladie ou congé de longue durée obéissent à leurs propres conditions, durées et règles de rémunération.
Les décrets des 16 septembre 2026 ne suppriment pas ces régimes statutaires et ne les limitent pas globalement à un an.
Une incidence potentiellement plus directe
Les agents contractuels de la FPH sont, sauf dispositions particulières, affiliés aux caisses primaires d’assurance maladie pour le risque maladie.
Ils relèvent donc à la fois des prestations de Sécurité sociale et des droits à maintien de rémunération prévus par leur statut.
C’est pour cette raison que la réforme des indemnités journalières doit être examinée avec une attention particulière pour les agents contractuels en arrêt de longue durée.
Contractuels de la FPH : le congé de grave maladie reste fixé à trois ans
C’est un point essentiel. Le décret du 6 février 1991 applicable aux agents contractuels de la fonction publique hospitalière prévoit toujours un congé de grave maladie d’une durée maximale de trois ans, sous réserve de remplir les conditions prévues.
Pour en bénéficier, l’agent doit notamment :
- être employé de manière continue ;
- compter au moins trois années de services effectifs ;
- être atteint d’une affection nécessitant un traitement et des soins prolongés et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée.
L’agent placé dans cette situation conserve l’intégralité de son traitement pendant douze mois, puis un demi-traitement pendant les vingt-quatre mois suivants.
La réforme des indemnités journalières ne doit donc pas être interprétée comme une suppression automatique de ce congé de grave maladie. En revanche, l’articulation entre les prestations versées par la Sécurité sociale et la rémunération maintenue par l’établissement devra être examinée selon la situation de l’agent.
À partir de quand les nouvelles règles s’appliquent-elles ?
Le nouveau dispositif s’applique aux arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026.
Il s’applique également aux arrêts en cours à cette date lorsque l’incapacité de travail atteint six mois à compter du 15 octobre 2026.
Les assurés qui, au 15 octobre 2026, se sont déjà vu reconnaître le bénéfice de la procédure prévue à l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale, sans bénéficier de l’exonération du ticket modérateur, continuent à relever des anciennes règles jusqu’au terme de la période maximale de trois ans d’indemnisation.
Trois situations pour mieux comprendre
Cas 1 – Fonctionnaire hospitalier en congé de longue maladie
Un fonctionnaire titulaire de la FPH est placé dans un congé statutaire de longue maladie. Le décret n° 2026-866 ne transforme pas automatiquement son congé en un congé limité à un an. Ses droits restent déterminés par les règles statutaires applicables à la fonction publique hospitalière.
Cas 2 – Contractuel en ALD non exonérante
Un agent contractuel est affilié au régime général et bénéficie d’un arrêt de longue durée relevant de l’article L. 324-1, sans exonération du ticket modérateur. Pour un arrêt entrant dans le nouveau dispositif, la période maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières est limitée à un an.
Cas 3 – Contractuel bénéficiant d’un congé de grave maladie
Un agent contractuel comptant au moins trois années de services remplit les conditions du congé de grave maladie. Ce congé statutaire peut toujours atteindre trois ans. Il faut toutefois distinguer ce droit statutaire des indemnités journalières éventuellement versées par l’Assurance maladie et de leur articulation avec la rémunération maintenue par l’établissement.
Le décret prévoit également des sanctions en cas d’arrêt injustifié
Le décret n° 2026-866 ne concerne pas uniquement la durée d’indemnisation. Il complète également les règles relatives aux abus.
Le Code de la sécurité sociale peut désormais permettre de sanctionner un assuré qui utiliserait abusivement sa qualité d’assuré social afin d’obtenir une prescription d’arrêt de travail non justifiée par son état de santé.
Ce qu’il faut retenir pour les agents de la FPH
La réforme applicable à compter du 15 octobre 2026 réduit fortement la durée maximale d’indemnisation de certaines ALD non exonérantes.
Elle ne supprime toutefois pas les congés statutaires des fonctionnaires hospitaliers et ne ramène pas le congé de grave maladie des contractuels de la FPH à un an.
Pour les agents contractuels, la difficulté réside désormais dans l’articulation entre les droits statutaires, le maintien de rémunération par l’établissement et les prestations versées par l’Assurance maladie. Le SNSH suivra donc avec attention les conséquences concrètes de cette réforme dans les établissements de la fonction publique hospitalière.
- Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 relatif à la durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail et à la sanction des abus.
- Décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 relatif à la réforme de la durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail.
- Décret n° 91-155 du 6 février 1991 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de la fonction publique hospitalière.
Arrêts maladie longs : l’essentiel en un coup d’œil
Retrouvez dans notre infographie les principaux changements applicables au 15 octobre 2026, la distinction entre ALD exonérante et non exonérante, ainsi que les conséquences pour les titulaires et contractuels de la FPH.
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