Congé de longue maladie dans la FPH : durée, rémunération et droits
Conditions médicales, conseil médical, durée maximale de trois ans, plein traitement puis demi-traitement, renouvellement, reprise, contrôles 2026 et différence avec le congé de grave maladie des contractuels.
Les décrets n° 2026-866 et n° 2026-867 du 16 septembre 2026 réduisent à un an la durée maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières pour certains assurés relevant d’une affection de longue durée sans exonération du ticket modérateur.
Le CLM du fonctionnaire hospitalier reste fixé à une durée maximale de trois ans.
Il faut distinguer le droit statutaire au congé de longue maladie des prestations d’Assurance maladie versées dans le cadre du régime général.
Le CLM reste un congé statutaire d’une durée maximale de trois ans, avec une première année à plein traitement puis deux années à demi-traitement.
Le contractuel ne bénéficie pas du CLM, mais peut relever du congé de grave maladie. Celui-ci reste lui aussi fixé à une durée maximale de trois ans lorsque les conditions réglementaires sont réunies.
Pour les contractuels affiliés au régime général, il faut toutefois distinguer le congé statutaire de grave maladie de la durée pendant laquelle l’Assurance maladie peut servir des indemnités journalières.
Le nouveau régime des indemnités journalières s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 ainsi qu’à certains arrêts en cours, dans les conditions prévues par les textes.
Lire l’analyse complète du SNSH →Quand un fonctionnaire peut-il bénéficier d’un CLM ?
L’article L. 822-6 du Code général de la fonction publique ouvre droit au congé de longue maladie lorsque la maladie :
- met l’agent dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions ;
- nécessite un traitement et des soins prolongés ;
- présente un caractère invalidant ;
- et une gravité confirmée.
Le contractuel n’est pas placé en CLM : il relève du congé de grave maladie
Fonctionnaire titulaire
Il relève du congé de longue maladie – CLM.
- durée maximale : 3 ans ;
- 1 an à plein traitement ;
- 2 ans à demi-traitement ;
- pas de condition de 3 ans d’ancienneté.
Agent contractuel FPH
Il ne relève pas juridiquement du CLM, mais du congé de grave maladie – CGM.
- 3 années de services effectifs requises ;
- emploi continu ;
- durée maximale : 3 ans ;
- 1 an à plein traitement ;
- 2 ans à demi-traitement.
Trois ans maximum pour le fonctionnaire
L’article L. 822-7 du CGFP fixe la durée maximale du congé de longue maladie à trois ans.
Rémunération pendant le CLM
100 % du traitement.
50 % du traitement.
Le fonctionnaire conserve en outre la totalité :
- du supplément familial de traitement ;
- de l’indemnité de résidence.
Utilisation continue ou discontinue
Le CLM peut être utilisé de manière continue ou discontinue.
Demande, certificat médical et conseil médical
Pour demander un CLM, le fonctionnaire adresse à l’autorité investie du pouvoir de nomination :
- une demande ;
- un certificat médical précisant qu’il peut relever d’un CLM.
Le médecin transmet séparément au président du conseil médical un résumé de ses observations et les éléments médicaux nécessaires.
Depuis le 1er septembre 2026, cette règle demeure, même si plusieurs formalités de renouvellement ont été simplifiées.
Des périodes pouvant aller jusqu’à six mois
Depuis la réforme 2026, le CLM peut être accordé ou renouvelé dans la limite de six mois sur présentation de l’avis d’arrêt de travail requis.
Pour le renouvellement, le fonctionnaire transmet un certificat médical précisant que le congé doit être prolongé et indiquant la durée de la prolongation.
Le refus de se soumettre à cet examen peut entraîner l’interruption du versement de la rémunération.
Contrôles médicaux renforcés en 2026
Le fonctionnaire bénéficiant d’un CLM doit se soumettre aux visites de contrôle prescrites par le médecin agréé ou le conseil médical.
Le refus peut entraîner :
- l’interruption de la rémunération ;
- et, en cas de refus répété et injustifié, la perte du bénéfice du CLM après mise en demeure.
Peut-on travailler ou suivre une formation pendant un CLM ?
En principe, le fonctionnaire en CLM doit cesser toute activité rémunérée.
Restent toutefois possibles :
- les activités ordonnées et contrôlées médicalement au titre de la réadaptation ;
- certaines activités accessoires autorisées par le CGFP.
Ancienneté, avancement et congés annuels
Position d’activité
Le fonctionnaire reste dans une position statutaire ouvrant des droits à carrière selon les règles applicables aux congés pour raison de santé.
Avancement
La période est prise en compte pour les droits à ancienneté et à avancement dans les conditions statutaires.
Congés annuels
Les congés annuels non pris en raison du CLM peuvent bénéficier du mécanisme de report prévu pour les congés de santé.
RTT
Le CLM peut réduire l’acquisition de jours RTT, ceux-ci étant liés à du temps de travail effectif au-delà de la durée réglementaire.
Reprise des fonctions et nouvelle ouverture de droits
La reprise peut nécessiter l’avis du conseil médical, notamment :
- à l’expiration des droits à congé ;
- ou lorsque l’agent exerce des fonctions nécessitant des conditions de santé particulières.
Lorsque la reprise est possible, elle peut également s’accompagner, selon la situation :
- d’un aménagement de poste ;
- d’un temps partiel thérapeutique ;
- d’une procédure de reclassement ;
- ou d’une période de préparation au reclassement.
Le congé de grave maladie des contractuels FPH
Conditions
Le contractuel doit :
- être en activité ;
- être employé de manière continue ;
- justifier d’au moins 3 années de services effectifs ;
- être atteint d’une affection le mettant dans l’impossibilité d’exercer son activité ;
- nécessitant des soins prolongés ;
- et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée.
Durée et rémunération
| Période | Contractuel FPH en congé de grave maladie |
|---|---|
| 1re année | 100 % du traitement |
| 2e et 3e années | 50 % du traitement |
| Durée maximale | 3 ans |
Le congé de grave maladie est accordé par périodes de 3 à 6 mois.
Après épuisement des droits, le contractuel doit avoir repris ses fonctions pendant un an avant de pouvoir bénéficier d’un nouveau congé de grave maladie.
Le congé de grave maladie reste fixé à trois ans. En revanche, pour certaines ALD non exonérantes, la durée maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières du régime général peut être limitée à un an.
LDG, protocole RH et règles locales
Un établissement ne peut donc pas, par une LDG, un protocole RH ou une note interne :
- réduire la durée maximale de trois ans ;
- substituer une condition d’ancienneté au fonctionnaire titulaire ;
- réduire la première année à plein traitement ;
- supprimer l’intervention du conseil médical lorsqu’elle est obligatoire ;
- imposer des contrôles non prévus par les textes ;
- refuser un CLM répondant aux conditions statutaires pour raisons de service.
En revanche, des règles locales peuvent exister
L’établissement peut préciser :
- le circuit de transmission des demandes ;
- le service RH compétent ;
- les modalités pratiques d’organisation des contrôles ;
- la préparation de la reprise ;
- les modalités d’accompagnement au reclassement ;
- et certains éléments indemnitaires lorsqu’un texte national laisse une marge locale.
Textes officiels de référence
- Code général de la fonction publique, articles L. 822-6 à L. 822-11 — régime du congé de longue maladie.
- Article L. 822-6 du CGFP — conditions médicales du CLM.
- Article L. 822-8 du CGFP — rémunération du fonctionnaire en CLM.
- Article L. 822-11 du CGFP — nouvelle ouverture de droits après un an de reprise.
- Décret n° 88-386 du 19 avril 1988 — congés pour raisons de santé des fonctionnaires hospitaliers.
- Article 24 du décret n° 88-386 — demande initiale de CLM.
- Article 25 du décret n° 88-386 — renouvellement et contrôle médical depuis 2026.
- Article 33 du décret n° 88-386 — obligations de contrôle.
- Article 31-1 du décret n° 88-386 — formation et bilan de compétences pendant le congé.
- Décret n° 91-155 du 6 février 1991 — agents contractuels de la FPH.
- Article 11 du décret n° 91-155 — congé de grave maladie des contractuels.
- Article 16 du décret n° 91-155 — contrôle médical du contractuel.
- Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 — réduction à un an de la durée maximale dérogatoire d’indemnisation de certaines affections ne bénéficiant pas de l’exonération du ticket modérateur.
- Décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 — adaptation réglementaire de la réforme de la durée maximale dérogatoire d’indemnisation.