Congé de longue durée dans la FPH : conditions, durée et rémunération
Cinq affections ouvrant droit au CLD, articulation avec le CLM, durée maximale de cinq ans, trois ans à plein traitement, conseil médical, contrôles 2026 et situation particulière des agents contractuels.
Les décrets n° 2026-866 et n° 2026-867 du 16 septembre 2026 modifient la durée maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières pour certains arrêts de travail de longue durée.
Pour certaines affections relevant de l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale sans limitation ou suppression de la participation aux frais de santé au titre des ALD concernées, cette durée maximale passe de trois ans à un an.
Pour le fonctionnaire hospitalier, le congé de longue durée demeure un régime statutaire spécifique pouvant atteindre cinq ans par affection dans les conditions prévues par le Code général de la fonction publique.
La réduction à un an concerne une durée maximale d’indemnisation par l’Assurance maladie dans certaines situations, et non la durée du CLD.
Le CLD reste fixé à cinq ans maximum par affection, avec trois ans à plein traitement puis deux ans à demi-traitement.
Le contractuel ne bénéficie pas du CLD. Lorsqu’il remplit les conditions, il peut relever du congé de grave maladie, d’une durée maximale de trois ans.
Pour lui, il faut distinguer ce droit statutaire des indemnités journalières versées par le régime général.
Le nouveau dispositif relatif aux indemnités journalières s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 ainsi qu’à certains arrêts déjà en cours selon les conditions prévues par les textes.
Des dispositions transitoires maintiennent les anciennes règles jusqu’au terme de la période maximale de trois ans pour certains assurés ayant déjà obtenu, au 15 octobre 2026, le bénéfice de la procédure prévue à l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale.
Lire l’analyse complète du SNSH →Le CLD est réservé à cinq catégories d’affections
Contrairement au congé de longue maladie, le congé de longue durée n’est pas ouvert pour toute maladie grave répondant à des critères médicaux généraux.
L’article L. 822-12 du Code général de la fonction publique énumère limitativement cinq catégories d’affections.
Le CLD intervient normalement après la première année de CLM
En principe, le CLD ne peut être accordé qu’après épuisement de la période de CLM rémunérée à plein traitement.
Le fonctionnaire peut toutefois demander, après avis du conseil médical, à rester en CLM alors même qu’il pourrait bénéficier d’un CLD.
Le CLD appartient au régime des fonctionnaires
Fonctionnaire titulaire
Peut bénéficier du congé de longue durée lorsqu’il est atteint de l’une des cinq affections prévues par l’article L. 822-12.
- 5 ans maximum par affection ;
- 3 ans à plein traitement ;
- 2 ans à demi-traitement.
Agent contractuel FPH
Le contractuel ne bénéficie pas juridiquement d’un CLD.
Lorsqu’il remplit les conditions, il relève du congé de grave maladie – CGM, dont la durée maximale est de trois ans.
Jusqu’à cinq ans de CLD
Rémunération du fonctionnaire
Intégralité du traitement .
50 % du traitement .
Pendant le CLD, le fonctionnaire conserve également l’intégralité :
- du supplément familial de traitement ;
- de l’indemnité de résidence.
Et les primes ?
Il ne faut pas appliquer une règle unique à l’ensemble du régime indemnitaire.
Le maintien ou la suspension d’une prime dépend :
- du texte qui l’institue ;
- de son fait générateur ;
- de son lien avec l’exercice effectif des fonctions ;
- et, lorsqu’une marge existe, des règles locales applicables.
Les droits au CLD sont appréciés par affection
Le CLD ne fonctionne pas comme un nouveau compteur intégralement reconstitué après une simple reprise d’activité.
Comment le CLD est-il accordé ?
L’octroi de la première période de CLD nécessite l’avis du conseil médical en formation restreinte.
Le fonctionnaire produit les éléments médicaux nécessaires à l’examen de sa situation, dans le respect du secret médical.
Pour renouveler une période en cours, le fonctionnaire transmet un certificat médical indiquant que le congé doit être prolongé et précisant la durée de la prolongation.
Contrôle médical obligatoire au moins une fois par an
L’autorité investie du pouvoir de nomination doit faire examiner le fonctionnaire par un médecin agréé au moins une fois par an.
L’agent doit également se soumettre aux visites prescrites par le médecin agréé ou le conseil médical.
Travail, formation et bilan de compétences pendant le CLD
Pendant le CLD, le fonctionnaire doit en principe cesser toute activité rémunérée, sous réserve des exceptions prévues par les textes.
Sont notamment admises :
- les activités ordonnées et contrôlées médicalement au titre de la réadaptation ;
- certaines activités accessoires autorisées par le CGFP.
- une action de formation ;
- un bilan de compétences.
Carrière, congés annuels et RTT
Carrière
Le fonctionnaire reste soumis au régime statutaire des congés pour raison de santé, avec maintien des droits prévus en matière d’ancienneté et d’avancement.
Congés annuels
Les congés annuels qui n’ont pas pu être pris du fait du CLD peuvent bénéficier des mécanismes de report applicables aux congés pour raison de santé.
RTT
Les absences en CLD peuvent réduire l’acquisition de RTT, ces jours étant liés à l’accomplissement effectif d’une durée de travail supérieure à la durée légale.
Mobilité
Le fonctionnaire qui a obtenu un CLD conserve le bénéfice de ce congé auprès de toute personne publique qui l’emploie, ainsi que ses modalités d’utilisation.
Que se passe-t-il à la fin du CLD ?
À l’expiration du congé de longue durée, le fonctionnaire est réaffecté :
- dans ses fonctions ;
- ou dans des fonctions correspondant à son grade ou à son emploi.
Le conseil médical est notamment consulté lors de la réintégration à l’expiration des droits à congé pour raison de santé.
Selon l’état de santé de l’agent, la reprise peut également nécessiter :
- un aménagement du poste ;
- un temps partiel thérapeutique ;
- une période de préparation au reclassement ;
- un reclassement pour inaptitude ;
- ou, si aucune reprise n’est possible, l’examen des autres dispositifs statutaires applicables.
Pourquoi un contractuel ne bénéficie-t-il pas du CLD ?
Lorsqu’un agent contractuel est atteint d’une maladie grave, y compris d’une affection qui ouvrirait un CLD à un fonctionnaire, il faut examiner son droit au congé de grave maladie.
| Fonctionnaire : CLD | Contractuel : CGM | |
|---|---|---|
| Durée maximale | 5 ans par affection | 3 ans |
| Plein traitement | 3 ans | 1 an |
| Demi-traitement | 2 ans | 2 ans |
| Ancienneté minimale | Pas de condition statutaire comparable aux 3 ans du contractuel | 3 années de services effectifs continus |
| Liste des 5 maladies | Oui, pour le CLD | Non : critères propres du congé de grave maladie |
Le congé de grave maladie du contractuel reste un droit statutaire pouvant atteindre trois ans lorsque les conditions réglementaires sont réunies.
En revanche, pour certaines affections de longue durée sans exonération du ticket modérateur, la durée maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières du régime général est désormais limitée à un an.
LDG, règles locales et CLD
Les cinq affections, la durée de cinq ans, la rémunération, l’intervention du conseil médical, les contrôles et les règles d’utilisation sont déterminés par les textes nationaux.
Un établissement ne peut donc pas, au moyen d’une LDG, d’un protocole RH ou d’une note interne :
- supprimer l’une des cinq affections ouvrant droit au CLD ;
- réduire les cinq années prévues par la loi ;
- réduire les trois années à plein traitement ;
- ajouter une condition d’ancienneté au fonctionnaire ;
- supprimer l’avis du conseil médical lorsqu’il est requis ;
- imposer une procédure médicale plus restrictive que celle prévue nationalement.
Ce qui peut en revanche relever de modalités locales
L’établissement peut préciser :
- le circuit RH de transmission des demandes ;
- le service chargé de la relation avec le conseil médical ;
- l’accompagnement de la reprise ;
- les dispositifs locaux de formation ou reconversion ;
- les conditions pratiques de reclassement ;
- certaines règles indemnitaires lorsque les textes nationaux laissent réellement une marge à l’établissement.
CMO, CLM et CLD : trois régimes différents
| Congé | Situation | Durée maximale | Rémunération principale |
|---|---|---|---|
| CMO | Maladie empêchant temporairement l’exercice des fonctions | 1 an sur 12 mois | 3 mois à 90 %, puis 9 mois à 50 % |
| CLM | Maladie grave, invalidante et nécessitant des soins prolongés | 3 ans | 1 an à 100 %, puis 2 ans à 50 % |
| CLD | L’une des cinq affections prévues par la loi | 5 ans par affection | 3 ans à 100 %, puis 2 ans à 50 % |
Textes officiels de référence
- Code général de la fonction publique, articles L. 822-12 à L. 822-17 — régime du congé de longue durée.
- Article L. 822-12 du CGFP — cinq affections ouvrant droit au CLD.
- Articles L. 822-13 à L. 822-17 du CGFP — articulation avec le CLM, rémunération, utilisation continue ou discontinue et maintien du droit en mobilité.
- Décret n° 88-386 du 19 avril 1988 — congés pour raison de santé des fonctionnaires hospitaliers.
- Article 19 du décret n° 88-386 — passage du CLM au CLD.
- Article 20 du décret n° 88-386 — droits au CLD appréciés par affection.
- Article 22 du décret n° 88-386 — réaffectation après le CLD.
- Article 25 du décret n° 88-386 — octroi, renouvellement et contrôle médical depuis 2026.
- Article 31-1 du décret n° 88-386 — formation et bilan de compétences pendant le CLD.
- Article 33 du décret n° 88-386 — contrôle médical et conséquences du refus.
- Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 — réforme des congés pour raison de santé.
- Décret n° 91-155 du 6 février 1991 — régime des agents contractuels FPH.
- Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 — durée maximale dérogatoire d’indemnisation de certains arrêts de longue durée et sanction des abus.
- Décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 — adaptation réglementaire de la réforme de la durée maximale dérogatoire d’indemnisation.