Congé de maladie ordinaire dans la FPH : titulaires et contractuels
Durée, rémunération à 90 % ou demi-traitement, jour de carence, arrêt de travail, contrôles médicaux et administratifs, congés annuels et différences entre fonctionnaires et agents contractuels.
Les décrets n° 2026-866 et n° 2026-867 du 16 septembre 2026 modifient les règles de durée maximale de versement des indemnités journalières pour certains arrêts de longue durée.
Pour les assurés bénéficiant de l’exonération du ticket modérateur dans les conditions prévues par le Code de la sécurité sociale, la durée maximale dérogatoire d’indemnisation reste fixée à trois ans.
Pour certaines affections relevant de l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale sans exonération du ticket modérateur, la durée maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières passe de trois ans à un an.
Pour le fonctionnaire hospitalier, les durées statutaires des congés pour raison de santé restent distinctes des indemnités journalières du régime général.
Pour le contractuel FPH, il faut distinguer les prestations versées par l’Assurance maladie des droits statutaires prévus par le décret n° 91-155, notamment le congé de grave maladie.
Le nouveau dispositif s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026, ainsi qu’aux arrêts en cours à cette date pour une incapacité de travail atteignant six mois à compter de cette date.
Les anciennes règles continuent toutefois de s’appliquer jusqu’au terme de la période maximale de trois ans pour certains assurés qui, au 15 octobre 2026, bénéficiaient déjà de la procédure prévue à l’article L. 324-1 sans exonération du ticket modérateur.
Lire l’analyse complète du SNSH →Quand un agent est-il placé en congé de maladie ordinaire ?
Lorsqu’une maladie ou un accident non imputable au service met l’agent dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, celui-ci peut être placé en congé de maladie.
Lorsqu’un accident ou une maladie est imputable au service, il ne faut en revanche pas appliquer automatiquement le régime du CMO : le fonctionnaire peut relever du CITIS et le contractuel du régime spécifique de l’accident du travail ou de la maladie professionnelle.
Titulaire et contractuel : les droits ne sont pas identiques
Jusqu’à 12 mois
Le fonctionnaire peut bénéficier, sur une période de douze mois consécutifs :
- 3 mois à 90 % du traitement ;
- puis 9 mois à 50 %.
Il n’existe pas de condition minimale de quatre mois d’ancienneté.
Droits liés à l’ancienneté
Le maintien de rémunération dépend du nombre d’années de services :
- à partir de 4 mois ;
- droits renforcés après 2 ans ;
- maximum après 3 ans.
Avant quatre mois, le congé est en principe non rémunéré par l’établissement.
| Situation | Fonctionnaire titulaire | Contractuel FPH |
|---|---|---|
| Ancienneté minimale | Aucune pour l’ouverture du CMO | 4 mois pour bénéficier d’un congé rémunéré |
| Durée maximale du congé | 12 mois sur 12 mois consécutifs | 12 mois consécutifs, ou période de 300 jours de services effectifs en cas de services discontinus |
| 90 % | 3 mois | Dépend de l’ancienneté |
| Demi-traitement | 9 mois | Dépend de l’ancienneté |
| IJ de Sécurité sociale | Régime statutaire du fonctionnaire hospitalier | Oui, selon les règles du régime général, avec coordination avec le traitement versé par l’établissement |
| Jour de carence | Oui, sauf exception légale | Oui, sauf exception légale |
Droits du fonctionnaire titulaire
L’article L. 822-2 du Code général de la fonction publique permet au fonctionnaire de bénéficier d’un congé de maladie d’une durée totale maximale de un an pendant une période de douze mois consécutifs.
Rémunération du titulaire
90 % du traitement.
50 % du traitement.
Le supplément familial de traitement et l’indemnité de résidence sont maintenus en totalité pendant les périodes à 90 % et à demi-traitement.
Le contractuel FPH : des droits progressifs selon l’ancienneté
| Ancienneté | Rémunération à 90 % | Demi-traitement |
|---|---|---|
| Moins de 4 mois | Pas de maintien statutaire de rémunération par l’établissement. Congé de maladie non rémunéré, sous réserve des IJ de Sécurité sociale. | |
| Après 4 mois de services | 1 mois | 1 mois |
| Après 2 ans de services | 2 mois | 2 mois |
| Après 3 ans de services | 3 mois | 3 mois |
Et après épuisement des droits rémunérés ?
Lorsque les périodes à 90 % puis à demi-traitement sont épuisées, l’établissement ne maintient plus la rémunération statutaire au titre de l’article 10.
L’agent peut toutefois continuer à percevoir les indemnités journalières de l’Assurance maladie s’il en remplit les conditions.
Pour certaines affections de longue durée relevant de l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale sans exonération du ticket modérateur, la période maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières est limitée à un an.
Cette évolution concerne les IJSS et ne modifie pas en elle-même les durées statutaires de congé prévues par le décret n° 91-155.
Coordination avec les IJSS
Le contractuel relève également du régime général de la Sécurité sociale.
Les indemnités journalières versées par la CPAM sont prises en compte dans le calcul de la rémunération maintenue par l’établissement : elles ne se cumulent donc pas intégralement avec 90 % ou 50 % du traitement.
Le jour de carence
En principe, le premier jour d’un congé de maladie d’un agent public n’est pas rémunéré.
Il ne s’applique notamment pas :
- au deuxième arrêt pour la même cause lorsque la reprise entre les deux arrêts n’a pas dépassé 48 heures ;
- aux congés relevant du CITIS, de l’accident du travail ou de la maladie professionnelle ;
- au CLM, au CLD et au congé de grave maladie ;
- aux arrêts postérieurs au premier arrêt concernant la même affection de longue durée, pendant une période de trois ans ;
- aux arrêts intervenant après déclaration de grossesse et avant le congé de maternité ;
- dans certaines situations liées au décès d’un enfant ;
- dans les situations prévues après interruption spontanée ou médicale de grossesse.
L’arrêt doit être transmis dans les 48 heures
Le fonctionnaire hospitalier doit adresser son avis d’interruption de travail à l’autorité dont il relève dans un délai de 48 heures suivant son établissement.
Depuis septembre 2026, l’avis doit respecter les nouvelles règles communes relatives aux arrêts de travail, notamment celles issues du Code de la sécurité sociale.
Ces modalités sont également applicables au contractuel FPH par renvoi de l’article 10 du décret n° 91-155.
Contrôle médical et nouveau contrôle administratif
Contrôle médical
L’établissement peut faire examiner le fonctionnaire par un médecin agréé à tout moment.
Un contrôle médical est en outre obligatoire au moins une fois après une période de six mois consécutifs de CMO.
Le refus de se soumettre au contrôle peut entraîner l’interruption du versement de la rémunération.
Contrôle administratif au domicile
Ce contrôle peut intervenir :
- lorsque les sorties ne sont pas autorisées ;
- ou pendant les heures de présence obligatoire prévues par les règles applicables aux arrêts de travail.
Une absence injustifiée ou un refus du contrôle peut entraîner l’interruption de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt.
Traitement, NBI, CTI et primes : ne pas tout confondre
Traitement indiciaire du titulaire
Le régime national est clair :
- 90 % pendant trois mois ;
- 50 % pendant les neuf mois suivants.
Indemnité de résidence et SFT
Ils restent versés à 100 % pendant le CMO du fonctionnaire.
Nouvelle bonification indiciaire – NBI
Lorsqu’elle est due, la NBI est maintenue pendant le congé de maladie dans les mêmes proportions que le traitement.
Complément de traitement indiciaire – CTI
Le CTI est lui aussi réduit dans les mêmes proportions que le traitement lorsque l’absence entraîne une réduction de celui-ci.
Dans la FPH, il n’existe pas une règle unique permettant d’affirmer que toutes les primes sont systématiquement maintenues à 90 % puis 50 %.
Il faut examiner le texte instituant chaque prime, son fait générateur et, lorsqu’une marge locale existe, le dispositif applicable dans l’établissement.
Certaines indemnités sont liées :
- à l’exercice effectif de fonctions particulières ;
- aux sujétions réellement supportées ;
- au travail de nuit ;
- aux dimanches et jours fériés ;
- aux astreintes ;
- aux heures supplémentaires ;
- ou à l’atteinte de résultats ou objectifs.
Leur versement pendant un arrêt ne peut donc être déterminé qu’après examen de leur fondement réglementaire.
Ancienneté, carrière, congés annuels et RTT
Carrière du fonctionnaire
Le fonctionnaire reste en position d’activité. Le congé de maladie est pris en compte pour ses droits à ancienneté et à avancement.
Ancienneté du contractuel
Les périodes de congé de maladie sont prises en compte, dans les conditions statutaires, pour certains droits liés à l’ancienneté, à la formation et aux concours internes.
Congés annuels
Une maladie ayant empêché l’utilisation des congés annuels ouvre droit aux mécanismes de report prévus par la réglementation.
RTT
Les absences pour maladie peuvent réduire le nombre de jours RTT, puisque ces jours sont liés au dépassement de la durée réglementaire de travail.
Que se passe-t-il lorsque l’arrêt se prolonge ?
Une maladie longue ne doit pas nécessairement rester traitée comme un simple CMO.
Lorsque les conditions sont réunies, le fonctionnaire peut relever :
- du congé de longue maladie – CLM ;
- du congé de longue durée – CLD ;
- du CITIS si l’affection est imputable au service ;
- du temps partiel thérapeutique ;
- ou, selon la situation, d’une procédure de reclassement.
Le congé de grave maladie reste un régime statutaire distinct pouvant atteindre trois ans lorsque les conditions prévues par le décret n° 91-155 sont réunies.
La réforme des indemnités journalières applicable au 15 octobre 2026 ne ramène donc pas ce congé à une durée maximale d’un an.
LDG, règlement intérieur et règles locales
La durée du congé, les taux de 90 % et 50 %, les conditions d’ancienneté des contractuels, le jour de carence et les contrôles prévus par les textes relèvent du droit national.
Une LDG, une note RH, un protocole local ou une règle de service ne peut donc pas :
- réduire les douze mois de droits statutaires du fonctionnaire ;
- modifier les taux de rémunération fixés par la loi ;
- ajouter une condition d’ancienneté au fonctionnaire titulaire ;
- supprimer les droits reconnus au contractuel par le décret n° 91-155 ;
- ajouter un jour de carence supplémentaire ;
- supprimer une exception légale au jour de carence ;
- imposer des modalités de contrôle contraires aux textes nationaux.
En revanche, des règles locales peuvent exister sur certains points
L’établissement peut notamment préciser :
- le circuit de transmission de l’arrêt de travail ;
- l’interlocuteur RH compétent ;
- les modalités pratiques de reprise ;
- la procédure interne de contrôle administratif ;
- ou certaines modalités relatives au régime indemnitaire lorsqu’un texte laisse effectivement une marge d’appréciation locale.
Textes officiels de référence
- Code général de la fonction publique, articles L. 822-1 à L. 822-5 — congé de maladie du fonctionnaire.
- Article L. 822-3 du CGFP — 3 mois à 90 %, 9 mois à demi-traitement, SFT et indemnité de résidence.
- Décret n° 88-386 du 19 avril 1988 — congés de maladie des fonctionnaires hospitaliers.
- Article 15 du décret n° 88-386 — arrêt de travail, délai de 48 heures et contrôle médical.
- Article 25-1 du décret n° 88-386 — contrôle administratif applicable depuis septembre 2026.
- Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 — nouvelle réglementation des congés pour raisons de santé.
- Décret n° 91-155 du 6 février 1991 — agents contractuels FPH.
- Article 10 du décret n° 91-155 — congé de maladie et rémunération du contractuel.
- Article 16 du décret n° 91-155 — contrôle médical du contractuel.
- Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 — durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail et sanction des abus.
- Décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 — réforme de la durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail.
- Article 115 de la loi de finances pour 2018 — jour de carence et exceptions.
- Décret n° 94-139 du 14 février 1994 — maintien de la NBI pendant certains congés FPH.
- Service-Public.fr – congé de maladie des agents contractuels .