Congés maladie des agents contractuels de la FPH
Maladie ordinaire, grave maladie, maintien de rémunération, indemnités journalières, contrôle médical, temps partiel thérapeutique, inaptitude et reclassement : quels sont les droits du contractuel ?
Le régime maladie de l’agent contractuel hospitalier repose à la fois sur le décret n° 91-155 et sur les règles de Sécurité sociale.
Le maintien de rémunération versé par l’établissement et les prestations en espèces de la Sécurité sociale doivent donc être articulés selon les règles applicables à la situation de l’agent.
Les décrets n° 2026-866 et n° 2026-867 du 16 septembre 2026 modifient la durée maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières pour certains arrêts de longue durée.
La réforme concerne notamment les assurés dont l’affection relève de la procédure prévue à l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale.
Lorsque l’assuré bénéficie de l’exonération du ticket modérateur dans les conditions prévues par le Code de la sécurité sociale, la durée maximale dérogatoire d’indemnisation reste fixée à trois ans.
Lorsque l’affection relève du dispositif de longue durée sans exonération du ticket modérateur, la durée maximale dérogatoire de versement des indemnités journalières est désormais limitée à un an.
Cette réforme ne signifie pas que le congé de grave maladie des agents contractuels de la FPH est ramené à un an.
Le congé de grave maladie peut toujours atteindre trois ans lorsque les conditions réglementaires sont remplies. La modification porte sur la durée maximale de versement des indemnités journalières de Sécurité sociale dans certaines situations.
Le nouveau dispositif s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 et, dans les conditions prévues par les textes, à certains arrêts déjà en cours.
Un dispositif transitoire maintient les anciennes règles pour les assurés qui, au 15 octobre 2026, se sont déjà vu reconnaître le bénéfice de la procédure prévue à l’article L. 324-1 sans exonération du ticket modérateur.
Lire l’analyse complète du SNSH →Quels sont les principaux congés liés à la santé ?
Il couvre l’incapacité temporaire de travailler liée à une maladie médicalement constatée.
Il concerne certaines affections nécessitant un traitement et des soins prolongés et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée.
Ces situations relèvent de règles spécifiques qui ne doivent pas être confondues avec la maladie ordinaire.
Il peut permettre une reprise progressive de l’activité dans les conditions prévues par les textes.
Pourquoi l’ancienneté est-elle importante ?
Les droits à maintien de rémunération peuvent dépendre de l’ancienneté de services de l’agent.
Il faut donc reconstituer précisément la carrière contractuelle : dates de contrats, éventuelles interruptions, établissement employeur et situations particulières.
Selon le droit concerné, les services antérieurs peuvent avoir une incidence sur l’ouverture ou la durée de certains droits.
Traitement maintenu et indemnités journalières : comment cela fonctionne ?
Les agents contractuels relèvent du régime général de Sécurité sociale. Ils peuvent donc percevoir des prestations en espèces, notamment des indemnités journalières, lorsqu’ils remplissent les conditions applicables.
Ces prestations doivent être coordonnées avec la rémunération éventuellement maintenue par l’établissement public.
La durée maximale dérogatoire des indemnités journalières est désormais limitée à un an pour certaines affections de longue durée non exonérantes, contre trois ans auparavant.
Les ALD exonérantes concernées conservent une durée maximale d’indemnisation pouvant atteindre trois ans.
Lorsque l’établissement pratique la subrogation ou procède à une régularisation liée aux IJSS, les lignes apparaissant sur le bulletin peuvent devenir difficiles à comprendre.
Conservez les décomptes de la CPAM et les bulletins concernés afin de pouvoir vérifier les montants.
Qu’est-ce que le congé de grave maladie ?
Le décret prévoit un régime particulier pour l’agent contractuel atteint d’une affection répondant aux conditions réglementaires.
Le congé de grave maladie ne doit pas être assimilé automatiquement à un simple arrêt de travail prolongé : son ouverture répond à des conditions propres.
Il peut toujours atteindre trois ans lorsque l’agent remplit les conditions réglementaires, notamment celles relatives à l’ancienneté et à la nature de l’affection.
La réforme des indemnités journalières applicable au 15 octobre 2026 ne supprime donc pas ce droit statutaire.
L’établissement peut-il faire contrôler l’arrêt maladie ?
Oui. Le décret prévoit des mécanismes de contrôle médical.
Le décret n° 2026-705 a modifié en 2026 certaines dispositions relatives au contrôle des congés de maladie des agents contractuels.
Les nouvelles règles de contrôle doivent être appliquées en tenant compte des dispositions d’entrée en vigueur et des mesures transitoires.
Pour une contestation, il faut donc vérifier la date de début ou de prolongation du congé concerné.
Temps partiel thérapeutique : quelles quotités ?
Le temps partiel pour raison thérapeutique permet, lorsque les conditions sont réunies, de reprendre ou poursuivre une activité selon une quotité réduite.
| Quotité possible | Principe |
|---|---|
| 50 % | Reprise à mi-temps thérapeutique |
| 60 % | Reprise progressive |
| 70 % | Organisation intermédiaire |
| 80 % | Reprise proche du temps complet |
| 90 % | Reprise très proche du temps complet |
Plusieurs quotités sont prévues et doivent permettre d’adapter la reprise de l’activité à la situation de santé de l’agent.
Que se passe-t-il si l’agent devient inapte à ses fonctions ?
Une inaptitude médicale ne signifie pas automatiquement que l’établissement peut immédiatement mettre fin au contrat.
Il faut distinguer notamment :
- l’inaptitude temporaire ;
- l’inaptitude définitive aux fonctions exercées ;
- l’éventuelle aptitude à d’autres fonctions ;
- les possibilités de reclassement ;
- la situation contractuelle de l’agent.
L’une repose sur la situation de santé de l’agent, l’autre sur sa capacité professionnelle à exercer correctement les fonctions qui lui sont confiées.
Un reclassement doit-il être recherché ?
Dans les situations prévues par les textes, la possibilité d’un reclassement doit être examinée avant qu’une rupture du contrat pour inaptitude puisse intervenir.
Un arrêt maladie prolonge-t-il automatiquement un CDD ?
Non.
L’arrivée du terme d’un CDD et la situation de maladie doivent être distinguées.
Le fait d’être en congé maladie ne transforme pas automatiquement la durée prévue du contrat.
Un établissement ne peut pas prendre une décision fondée sur un motif discriminatoire lié à l’état de santé.
Que conserver en cas d’arrêt maladie ?
- Conservez votre arrêt de travail et ses prolongations.
- Gardez la preuve de leur transmission à l’établissement.
- Conservez les décomptes d’indemnités journalières de la CPAM.
- Vérifiez vos bulletins de salaire pendant la période d’arrêt.
- Conservez les décisions relatives au maintien ou à la réduction de rémunération.
- Gardez les convocations à un contrôle médical.
- Conservez les avis médicaux relatifs à une éventuelle inaptitude.
- Gardez toute demande ou proposition de reclassement.
- Conservez les échanges avec la médecine du travail.
- En cas de difficulté, reconstituez une chronologie précise de tous les événements.
Dans les dossiers de maladie ou d’inaptitude, la chronologie est particulièrement importante : arrêts, prolongations, contrôles, avis médicaux, reprises, temps partiel thérapeutique, demandes de reclassement et décisions administratives doivent être distingués.
Pour les arrêts longs, il faut désormais également distinguer le droit statutaire au congé de la durée de versement des indemnités journalières de Sécurité sociale.
Un établissement ne peut pas simplement résumer plusieurs mois de procédure par une formule générale du type « l’agent n’est plus apte à son poste » sans respecter les garanties correspondant à la situation juridique réelle.
Questions fréquentes
Un contractuel est-il payé pendant un arrêt maladie ?
Les droits dépendent notamment de l’ancienneté de services et de la situation de l’agent. Le maintien de rémunération doit également être articulé avec les prestations de Sécurité sociale.
Les contractuels perçoivent-ils des IJSS ?
Oui, ils relèvent du régime général de Sécurité sociale, sous réserve des conditions d’ouverture des droits.
Que change la réforme du 15 octobre 2026 pour les arrêts longs ?
Pour certaines affections relevant de l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale sans exonération du ticket modérateur, la durée maximale dérogatoire d’indemnisation passe de trois ans à un an.
Cette réforme ne réduit pas automatiquement à un an le congé de grave maladie des agents contractuels de la FPH.
Le congé de grave maladie est-il désormais limité à un an ?
Non. Le congé de grave maladie reste un droit statutaire distinct et peut toujours atteindre trois ans lorsque les conditions prévues par le décret n° 91-155 sont remplies.
Un arrêt maladie peut-il être contrôlé ?
Oui. Le régime applicable prévoit des possibilités de contrôle médical, dont certaines modalités ont été modifiées en 2026.
Le temps partiel thérapeutique est-il limité à 50 % ?
Non. Les quotités prévues sont 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 %.
Une inaptitude signifie-t-elle automatiquement licenciement ?
Non. Il faut examiner la nature de l’inaptitude, les possibilités de reprise, les conditions réglementaires et, lorsque les textes le prévoient, le reclassement.
Mon CDD se termine pendant mon arrêt maladie. Est-il automatiquement prolongé ?
Non. L’arrêt maladie ne prolonge pas automatiquement la durée du CDD. La fin normale du contrat doit néanmoins être distinguée d’un licenciement ou d’une décision discriminatoire.
À lire également
Références officielles
- Décret n° 91-155 du 6 février 1991 — version consolidée
- Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 — durée maximale dérogatoire d’indemnisation et sanction des abus
- Décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 — réforme de la durée maximale dérogatoire d’indemnisation
- Code général de la fonction publique — Légifrance
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