Le décret n° 2026-705, publié au Journal officiel du 31 juillet 2026, modifie les modalités de gestion des congés pour raison de santé des agents publics. Il ne modifie ni la durée des congés statutaires ni les taux de rémunération qui leur sont attachés. En revanche, il réforme les modalités de contrôle, de prescription et d’accompagnement, avec des conséquences financières possibles en cas de non-respect des nouvelles obligations. Fonctionnaires comme contractuels de la Fonction publique hospitalière (FPH) sont concernés.
Temps partiel thérapeutique : de nouvelles garanties dès le 1er août 2026
Les nouvelles règles s’appliquent aux autorisations de temps partiel thérapeutique accordées ou prolongées à compter du 1er août 2026.
L’administration devra répondre au plus tard le jour de la reprise lorsque la demande est présentée après un congé de longue maladie (CLM), un congé de longue durée (CLD), un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) ou une disponibilité pour raison de santé. Dans les autres situations, elle disposera d’un délai de trente jours à compter de la réception de la demande.
Tout refus d’une demande initiale ou de renouvellement, ainsi que toute interruption décidée par l’administration, devra être motivé. Lorsque la décision repose sur les nécessités de continuité ou de fonctionnement du service, elle devra être précédée d’un entretien au cours duquel l’agent pourra se faire assister par la personne de son choix. Lorsqu’elle repose sur un motif médical, elle ne pourra intervenir sans l’avis préalable d’un médecin agréé.
Le contrôle systématique par un médecin agréé au-delà de trois mois de temps partiel thérapeutique est supprimé. L’administration conserve cependant la faculté de demander un examen médical à tout moment. En cas de contestation devant le conseil médical, l’autorisation en cours est prolongée jusqu’à ce que l’instance rende son avis.
Parallèlement à cette simplification, le décret supprime le recours devant le conseil médical supérieur lorsque l’avis du conseil médical concorde avec les conclusions du médecin agréé, réduisant ainsi d’un niveau les possibilités de contestation.
Un contrôle administratif au domicile dès le 1er septembre 2026
À compter du 1er septembre 2026, l’établissement pourra faire contrôler la présence d’un fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée à son domicile ou à son lieu de repos.
Ce contrôle pourra être effectué par « toute personne dûment habilitée », et non uniquement par un médecin agréé. Le décret ne précise ni la procédure d’habilitation ni la qualité des personnes susceptibles d’intervenir. Le recours à un prestataire extérieur n’est donc ni expressément autorisé ni interdit.
Le contrôle portera sur la présence de l’agent lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire déterminées conformément à l’article R. 323-11-1 du Code de la sécurité sociale.
Le décret prévoit une sanction particulièrement sévère : en cas d’absence injustifiée ou de refus du contrôle, le versement de la rémunération sera interrompu jusqu’à la fin de l’arrêt.
La période non rémunérée continuera néanmoins de compter dans le congé en cours : elle ne sera ni neutralisée ni récupérée. L’agent perdra donc sa rémunération pendant cette période tandis que ses droits à congé continueront de s’écouler.
Des arrêts alignés sur les règles du régime général
Le décret aligne les agents publics sur les modalités de prescription des arrêts de travail applicables aux salariés. Il renvoie au Code de la sécurité sociale concernant le formulaire sécurisé, la durée maximale de prescription et les heures de présence obligatoire.
En cas de prolongation, le maintien de la rémunération sera conditionné au respect de l’article L. 162-4-4 du Code de la sécurité sociale. La prolongation devra, en principe, être prescrite par le médecin ayant établi l’arrêt initial ou par le médecin traitant.
Des exceptions restent possibles en cas d’impossibilité dûment justifiée. Un agent consultant un autre praticien ne perdra donc pas automatiquement sa rémunération, mais il devra pouvoir justifier les circonstances de cette consultation.
Formation et bilan de compétences pendant le congé
À compter du 1er septembre 2026, un fonctionnaire hospitalier placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée pourra demander à réaliser ou à poursuivre une formation ou un bilan de compétences afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle.
Cette possibilité sera soumise à l’avis favorable d’un médecin agréé. L’administration disposera ensuite de trente jours pour répondre à la demande.
L’effectivité de ce nouveau droit dépendra toutefois de la rapidité avec laquelle l’agent pourra obtenir l’avis du médecin agréé, notamment lorsque le congé est de courte durée.
Les examens médicaux pourront également être réalisés à distance, dans les conditions prévues par le Code de la santé publique.
Les agents contractuels de la FPH sont également concernés
Le décret étend aux agents contractuels hospitaliers plusieurs dispositions applicables aux fonctionnaires, notamment le contrôle administratif des congés pour raison de santé, les nouvelles règles relatives à la prescription et au contrôle médical des arrêts, la possibilité de suivre une formation ou un bilan de compétences pendant certains congés ainsi que les examens médicaux réalisés à distance.
Ils pourront également être soumis, à tout moment, à un contrôle médical effectué par un médecin agréé. Leur refus de se soumettre à ce contrôle pourra entraîner l’interruption du versement de leur rémunération.
Deux dates à retenir
1er septembre 2026 : entrée en vigueur du contrôle administratif des arrêts de travail, des nouvelles modalités de prescription et de prolongation des arrêts, ainsi que de la possibilité de suivre une formation ou un bilan de compétences pendant certains congés.
1er août 2026 : entrée en vigueur des nouvelles règles du temps partiel thérapeutique et possibilité de réaliser les examens médicaux à distance.
